Это название объединяет множество техник, которые, используя чакру, позволяют сделать то, чего невозможно достичь иными способами. В отличие от гендзюцу, создающего иллюзии, эффекты, созданные ниндзюцу, вполне реальны. Как правило, применение ниндзюцу требует чакры и сложения особых знаков в определённом порядке для направления используемой чакры и получения желаемого эффекта. Однако некоторые техники становятся столь интуитивны, что не требует сложения печатей и применяются практически автоматически. Помимо этого некоторые техники ниндзюцу использует элементы (огонь, ветер, молния, земля и вода), так что при их применении требуется обращение к соответствующему элементу.